Le complexe Mahavavy Kinkony se trouve dans la province de Mahajanga, au sein de la Région de Boeny et du District de Mitsinjo.
Le site couvre une superficie totale de 300 000 ha, incluant différents types d’écosystème naturelle dont le fleuve Mahavavy, le lac Kinkony et ses lacs satellites, les mangroves, les plages côtières, les marais, la forêt sèche de Tsiombikibo et les forets galeries le long de la rivière et la savane a palmier.